A Direção Nacional se organiza em comitês específicos e se divide em Diretoria Executiva e Diretoria Acadêmica. A primeira reúne as funções transversais a todos os comitês. A segunda diz respeito aos comitês em si. A ABLASIC, como entidade representativa de caráter estudantil, inclui ainda em sua estrutura um Conselho Científico de orientação às nossas atividades, composto por pesquisadores, professores e profissionais de saúde.
Não obstante, o Consórcio Acadêmico Brasileiro de Saúde Integrativa (CABSIN) constitui-se como sendo a organização acadêmica à qual ABLASIC se afilia.